Предлагаю сделать три варианта:
1. Автоматическое распределение сразу при погрузке/разгрузке. Важно, что выгружаться/расходоваться всё будет равномерно из всех кораблей и боеприпасы в т.ч., а не начиная с первого. (опционально)
2. Полуавтоматическое распределение через команду в полётном листе
3. Ручное распределение путём нажатия кнопки в управлении флотом, когда флот находится в дрейфе или патруле
upd
Автоматическое распределение груза должно быть опционально, т.е. отключаемо при необходимости